GET sequence/region/:species/:region
Returns the genomic sequence of the specified region of the given species.
Parameters
Required
| Name | Type | Description | Default | Example Values |
|---|---|---|---|---|
| region | String | Query region. A maximum of 10Mb is allowed to be requested at any one time | - |
Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1 Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:-1 Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157 |
| species | String | Species name/alias | - |
brugia_malayi_prjna10729 |
Optional
| Name | Type | Description | Default | Example Values |
|---|---|---|---|---|
| callback | String | Name of the callback subroutine to be returned by the requested JSONP response. Required ONLY when using JSONP as the serialisation method. Please see the user guide. | - |
randomlygeneratedname |
| coord_system | String | Filter by coordinate system name | - |
contig seqlevel |
| coord_system_version | String | Filter by coordinate system version | - |
GRCh37 |
| expand_3prime | Int | Expand the sequence downstream of the sequence by this many basepairs. Only available when using genomic sequence type. | - |
1000 |
| expand_5prime | Int | Expand the sequence upstream of the sequence by this many basepairs. Only available when using genomic sequence type. | - |
1000 |
| format | Enum(fasta) | Format of the data. | - |
fasta |
| mask | Enum(hard,soft) | Request the sequence masked for repeat sequences. Hard will mask all repeats as N's and soft will mask repeats as lower cased characters. Only available when using genomic sequence type. | - |
hard |
| mask_feature | Boolean | Mask features on the sequence. If sequence is genomic, mask introns. If sequence is cDNA, mask UTRs. Incompatible with the 'mask' option | 0 |
1 |
Example Requests
/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?content-type=text/plain
AAAAAAATGATTTTACAAATCCTGCAATTTCAATTTGTGAGTAACAGCATGGAAAAATGTTATAATGAGTAAAGCTGATGAACACAGTCATTGGGTTAGATATTATAAAATGAAAAATATATATATATATATAATTTGATATGCACATGCAAATACTTTTTTGAGTGCTAAAGGTGTTAATTAGGAAGAAGTATAAACATAAAATAGCACCAATTTAATTATTATATGAAAGAAATTAATTTGAAGAACAGAAGAAAAGAAAGCAAATAATCAGAATTAGAAATGATTAAATGAAATACAATTAAAATGCTAGCAACACTTAAAGACAAAAGTCTAAAATAAGCCAATATGTTTGTAATTAATACTTAACTAAAGTCATCGAAAAAAACGAAAAATTTCAAAAAATGGAAAGAATGCTCACAAAAGAGAAATAGGATTATTCATTGTTGTACAGATTAATCACTGATAATAAATGCAACTTGCCAGTTTTAAATTTATGCTAATCTCAGTATTATCGTACACCGTTTTTAATTTTAAATTGTATTTTTAAAGTTGCAATAAAAATTATCTGAAATAATACTAATCGAACAAAGTTAAAAATTGTTTAAATCTTTGGTCTTATAATTCCAACCAATCTGAAATAAAAAACATTCATCTGAGCTTCTACCATTTCTGAATATTCACAAAGCTCTCGGTTACATCGATGGTACAAATTGTTTGGTTCAGTCTTCTGCTTTGCATCTTTTGCGTTTCGGCTCAGAGTGGTGCGTTCTCTTTCTTTGCTCTTAGCAACCGGTGCTGGTAACCCATGACAGGAAGTTATTTTTGTTGATTTCTACCAAATTTCATTTTTCAGATGATTCATCGGGCCAAGATTCACGAGATCAACAGAATCAATCAGGTAATCAGGAATTGGAAGAGGATGATATTCCAGATGACTTCGAATGGTTATTATTTGGTTATAAAAAGCCAACGCAATCATCTACTGTGAAAGCCCCTTCTATAAAAGGTAGCATTAAAACTACTTTTCAAATATAAATCTAAAATAGATCAAAAGGGTTTTCTACACCATATTAATTGGAAATGAATTTTAAATTTTAAAATATGCTTTTGCAGCACTGATCTTATCATCGTCACTTTCAAGTGACATCATTTAATTAACAAATTGTGTGATAGTTGAGTGTAAACAGAAAGCTCATATCAGATCAGAAGAAGTATGAATGCGGTTTTCCGGGCTGTGATGCAAGCACTTGGGACCGAAAGGAATATTTGAGACACATCATCAAGCACAATCAACCAGGCCTTTATCGATGTAACTGGCTTAGATGTAAAAGTGAATATCGATGTTTATCAGCACTTCGTCAGCATTATCAAAAACATCAATCTAAATTTGCATGCAAAAAATGCGGTGCTTCATTCTTCTACAGGTCTTTGCTAAAACATCATACCGATTATTGCAGCAAAGGATGCAGTTAGTTTTGCTAATTTAAATTTAATTTCAACAAATTCATTTACGTGGAATAGAACACACGTAAACGTAAAAACGTGCTCCTAGACATTTATGACGGTGGAGTAGTAATAGAAAACTGTATGATATTGCAATATTTTTTAATCGAAGTAAAAACTATCGTTTGTTTTGCGTCTAGAGCAGTTAGTTCATAACAGCTACCAATTCATAGTCCAAATAATTTAAAAAATTTTCCTCAGTTGAAATCACACCGATAAAGCTGAGTAAAACTAACAGAGAAACGAATGCTGTATTTCCTTTGATTTTTTAATACGTGAAATACATGTAGAAAACATATTTGTGAAGTTAAACTGTAGTGAAACAAATGTCATATTAGGAATTTTTCAGGTAATTCCATTGTTTGAGTGTCCCATTCCTGGGTGTTTTGCAAGCATAATAGAGCATAAATTTCCACAACACCTCGAAACACATAAGAAAAATGGTTTCTACAAATGCAACTGATTAGGATGTGAAATGAGTGTTTTTATTTGTCACACCTTTGCAGATACTACCAGCAACATCAACCTGAAAAGTTTAAGTGCAACTACTTCGATGCAGTTTAAGGACTTACTAAAACGTCACATGGATAATCACAAAACACGCCGTTAGTTTCGCAAATTTATTTAACATCAAAAGATTTCCAACAAGTTTGTCAACGTAAGATGCAGCATACATGAAAATATGTTTATGGAATTTACGGTCGTGAAGTGGTCATAAATGTCGTTAAAAATAACGAAATAACGCAGTGGATGCACAACCAATTATCTAATAATCAAATGAGAAATACACTTCTTTTCAGGTTTGAAGTGATAACTCAAAAATGTTCATTTTAGGTCGAATGGAAAATTTGCAGTTCGGACATGCTTTAGTAAACACACAAGAAGAAGATGTATCTAGTCAAAGCTATAATATTCTCGACGATTTCAATTTGGCATTGTTCGATTCAGGTAAATGTTTTATAAAATTTTTATTTCTCTTGTCGTAATGAAGTGACATCTAAAAAATGTTTATTCCAGGCTCAACGGAAGAAGACTTGCAGTTAAAACATAGTTCGTTAAACACCGAAAAAGAAAATGCTCCTAGCCAAAGCTATAATATTCTCGACGATTTCAATTTGGCATTGTTCGATTCAGGTAAATGTTTTATAAAATTTTTATTTCTCTTGTCGTAATGAAGTGACATCTAAAAAATGTTTATTCCAGGCTCAACGGAAGAAGACTTGCAGTTAAAACATAGTTCGTCAAACACCGAAAAAGAAAATGCTCCTAGCCAAAGCTATAATATTCTCGACGATTTCAATTTGGCATTGTTCGATTCAGGTAAATGTTTTATAAAATTTTTATTTCTCTTGTCGTAATGAAGTGACATCTAAAAAATGTTTATTCCAGGCTCAACGGAAGAAGACTTGCAGTTAAAACATAGTTCGTCAAACACCGAAAAAGAAAATGCTCCTAGCCAAAGCTATAATATTCTCGACGATTTCAATTTGGCATTGTTCGATTCAGGTAAATGTTTTATAAAATTTTTATTTCTCTTGTCGTAATGAAGTGACATCTAAAAAATGTTTATTCCAGGCTCAACGGAAGAAGACTTGCAGTTAAAACATAGTTCGTCAAACACCGAAAAAGAAAATGCTCCTAGCCAAAGCTATAATATTCTCGACGATTTCAATTTGGCACTATTTGATTCAGGTACGGGCACATATGGAAATACTAATGAAGTATCATTGTGAACTTATTTTAGAAGAATTTATTTTTAATATTTCATCCAATCGCTTGGAGTTTGATTGTTAATGTCGTGTAACATTACTTGATGATAAATACACTTTTTTAAAAAATTTTAAACAACCGCATGTATTTTTCTTGACTGCAAATACTGTGATTTTGACTTTGAATATCATTCAGACTGCAACGCAAAATTGCTATCATTTACGAAAATATTTTGAAGTAAATAATAAAAACTTTTAAGTCATTCAAAGAATAGAAGCAAATAGATAACTCATTTTTGAAAACGTTTGTAAAAATTGGCTCATTTTGATAGTCAATAGTATTTTAGGTTAGAACCTGAAAAAGTGTTTGAGCTATCAAACGAAAGACAAAACCCTGACAAATCGATTTTGTAACATGAATAAACAACTTATAACACTTTTGCATCCCAAATGAGAAACTTAGTAATTTTTATGAAATAAAATTTCGAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAGAAAAAGCATTTGTAAAAATGATCTGATATCCTTTTTCGTTGAAGCACAGCTGTGTTAACTTTCCGTAACCGAATGAAATGGAATGAATGACTCAGCTGTAGAAGTCAACTTGGCAAGAAGCTAAATGTCATCATAAAGGTCAGTGTGTTTTGATGCACTCCCACAAATGGAATTTAGAATAATAGAATAATTTTCTCAAAAACAAAAAAAAGCGCACATCTGCCGAAAGGTACACTTATTATTCGAATATATAAGAGGAATCAATTTTCTGATCATTTGATCTTATCATTTCTTTATCACCGCTTCGAATAAGACTGACAAATTAGTAGGTTCTTTTTTATGAATAATTAAAGATTACTATTAATTCGTGATTGAGTTACTTCAATGTGAGTTTTACTTCTAAAAAATGTGATCTTTGGACAGTGGACTGTTTTAAAGAAAAAAATCATAAGGAACAATGCTTGGAATTAACTAATGGATAGTTGGAGCGATGGAAGTAGAAGCGATATTTTATTTTGGCTTGCAATAACTTACTTTAGCGCAATTTATGCAAATGCGATTAATATTTGGTTGTTTTTGCAGGAAGAGAAAATGAATAAACTTTTAATAGCATTCGGTTTGGTAATTCTTTTTGTGACACTTCCGTGTGCATCAGAATCAGACGAAGAGTTCGATGTAACTTTTGCAAATTTATTAAAGAAATAAGAAACCACTATGTTAACCAAATCACTAAATCGACAGTAGTAGTACAGACCTAGCCAGGTCACGGGATAGTACGTGAGACAAACTGATAAGCAGGTGGTAACGTGGAGCTCTTTCGAGAAAATGACTTATGAGTTGACTGAAATGAGACATAATGCAGGACTTGAATTGCCACCATTTCTTTTCAAATCCATCAAAAAGAAAATATTTTTTTTAGGACTCCGCAGCCGATGACACCGACGACAGCGAGGACGGAGGTGGTAGTGAAGGAGGTGATGAATATGTAACCAAAGGGGAATTTGTTGAAACTGATGGCAAGTGAGTCGTTTGGTACTTTCAATAATTTGAATCCTTCAAAATATTTCTGAGGAATCGGTTCCCTTTCCATCTCACTTTTTATGGGTCCTTTTATTAAAAATGTGTTATTTGTATCGCTGCAATCTTTCATTTCGCTCTGAAATAGTTATTTCTTAAATTGACTCCAAAATGTTCCATATCAATGTCACACATTACCTTACTTATGAAAATGTCACACATTAACTTACTTATGAAAATGTCACACATTACCTTACTTATGAAAATGTCACACATTACCTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACCTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACCTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACCTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACCTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACCTTACTTACGAAAATGTCACATATCACTTACTTAGGAAAAAAGTTCACAAATAATACAAATAAAGAGCTCACCTCACTTTTCCATTCGATTGTTTGCAGAAAGAAAGAGTGCTCTTCGCACGAAGCTTGCTACGATCAACGTGAACCACAAGCGTGGTGCAGACTGAGCGAGAATCAGGCATGGACGTAAGCCACTTCAATCATTTCTTGCGGAAATTACTTCTCAGTGTTCCTCAAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAATGTTCCTCAAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAGTGTTCCCCACAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAGTGTTCCCCACAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAGTGTTCCCCACAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAGTGTTCCCCACAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAGTGTTCCCCACAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAGTGTTCCCCACAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAGTGTTCCCCACAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTTAATAGCACTAATAAGTCATATTTCAGTGACAGAGGCTGCTTCTGCGAAGATAAGTTGCATTCGTGCGTCATCGAAAGAACGAACAATGGTAAATTGGAGTATTCGTACTGTGCACCTGAAGCAGGTTGGCAATGCGCATAGGACTGAATCAGTCTTTGATACTACCAACTTTCCATCCATTTCTTACACTTTTCAAATTTAATTCTTTCTAACAAATAACATTTAACTTTGGTTTTACCGCTATTTTATTAAATATTGGAAATATGTGCGACAATCAAATATGTCACATCACATTACATTGTGTCACAGATTTCTATTAAAATCTTTAATGTAATATTATTTTAATAAAGAAAAGGAAGAACGAATAAACTATATTATAATGGACTATAATAGTTGCATCAATAATCAATTCTGTTAGCTGATTAATATTTCGAATATTACGCATATGCAAATCTAAGAGACTTTTTTATTTTCCATTTATCATTTTGTAAGTGTGTGATTAATGGCTCATTGTAAATTATTTTGTACTATTTTATAAAAAGGAAATGAATGAAACGATAAGAAATATAAGTAAAGTTTTATCACAGAATGCAAAAACTGTCACTGATAAAAATGTGGCATATAATATATAAACTTTTATGGTTTTTTTCACTATTTCACTTCATTTGTTCTCACTAAATTTGACAAAAAACAAAAATGGCGATAAACATTTGTAATTTAGAATAATTGCTTCAATCTATTCATCGATTAGATATTCATATCCAACCGAAATAAACTCCTCTGCAATTGAATAGCATTACGGCTAATTGCAGATGAAGTACTTTTCAAAATGAATGATCAAACAAGAAACTGTTTGGTAGTTTATTTTGGTTCAAAAGGTTCCTACAAGAAAAATAGCACCGTACTTACCAACCTCAACGTATCAGTGGAACGCATCCCGCATAAGTACCTAAGCCATTCCTTGGTATCATCTATTCAATACAAATCAATTAAGATCATGAGAAAAAGGTCTAAATAGAAGAAAATTCAGAAAGAAATACTCAAAATATGCTAACAAATGCTTTTTATAATTTATAGTTAACTGATGTTATCAGTATGATCAAAAATTAAAAATCAAAAAAAAAATACAAATTGAGTATTACCACTTCAATGCCACTTCAATCACTGTTGAATTGGTCATCGTCAATTATCCGTCAATTTTTTCATTTATGCAAAAATTTTCACATAATTTCATAAAAGTGCGAATACAAACAGAAATGATCAAAAATTAAAACTGACCTTATCATAGCAGAAAGTTGACAATTGTCCATTTTAGGTGGTCATTTAATTAATGCTGTCATTAAAATAAGCTTACAAAACAAAGTGTTCCGAACTAATAAATTGTGTTAAGTTTAATTTATTGTACTGTTATTTTTGTGATCACAAATGTCACATTAATTAAAAGCTATTCTTTCCTTTTCTTTATCTTTCACTGATATGCTTGATTATCTGTGACAGATGACACACACCAAAAAGCATAGTATTAGCAGCATTCACTCTTAATTGTTATATCTTTTGGCTGCAGTTAGCTTATTTGCAATTTGCAAGGGTTATAGTTAGAATTTCAAAAAAAAAAATGAATTTATCATCGTCATTTCTAGGAGCATTCGCTTCCAGTAGTATATCGTTTGATTTTTGATCTTTCATCGTTAAAATTAAATCCAAACGATAGTCGAATAATACTAACCATTAACTAGAATTTGGCATTGATATCATTCATTTCTCTTTTTTAAATTTAAAATTTTTGTATTAAAGAAAAAAAGAGACAAATTTAGCAAATATTAACTAAAAATGTTATTTTTGTTTTTCTGTTTACATTTAACAAGTTATGCATTACAATTATATTATCTTACTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCATTTTAATTTTATCACATTATTGCTGAAGTTTTTATCACTTCAAAAAATTATTATCACTGCAACATCTATTATCATAATTTGCTTGCATTTAGTTACCATTTATTAATTAATAAAATAAAAGGACAAAGACTTTTTCCTCATTTTTGTTTTTTTTTAAATCAATCAGTTTAAGATAAATGATAAGATATGTTATCAGTTGTACATATCGTCAGCTGTTTCATAAAATTATACTCATCAAAAACATTCAATCATGATCATTTTATGTCAGATTAAAAGTTTATGATTATTTTGATAACAAATCAATCAATAGCTGATAATAATGCAATTGATTTATTTTTTTTAATCATATGCCAAATGAATTAAATACTTATTTATTCTTTTTTTTTTTTAAAATTTGTTTTTTCTTTTTCTTTCTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTACTTCTTACGGAATTTGTTTACCGTCAAAATTTTACGATTTGTAAAAATATTTTACCATCAATGACAACTGTCTCTATTTTGCAATGTATTGTAAATATTCACTCCTTTTTGTTTTTTATTTTTGTTTTTCTGATTTTTAATTTGCAATAATATTAGAAATGACAAGGAGTTAAAATTGATGAGGGATGTGTTATGATCAAATAACAAAATAATTTACTCATTGCTTCACATTTTTAACTTACTACTCACTTCTTCTTCTCTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTATCATTTTTTATCATATGTTTAAAAATTAATACAATCGATTCGTCTCTTAGTTTATTTTAATTGATAATTTAAGCAATTCATTCTTCTCATAAAAATTTTTTAAATTTAAGATGATTTTCGAAACATTTCCAATTTATTAAGTAATAATAATAATAATAATAAACAGTAGTATTATTAACTAATAAAATAGTGGTGAATTAATTAATTATTAAAATATTATATGTTGTACAATACTTATACGTTTGATCCTTTTTCTTATGTACAACAATAAATTACATATGAAATAGTTTATATAATAATAAATTGTATATTTAAAAAAATATTAAATGCGTATTCAAATGTAAATTGAGCGTTAAATAATTTGTTATCACCAATTTGTCGACAATTATTTTGTTTTTTTTTAATTACCATTGTTTACTGATTAATTTTCTACTATTTATGATTATCGTTCATCACATTTCATTTATCATTTTAAAAAATTTAATCACTTATACACAAATGAATGGCATTGACAAATTATTAATATAAGTAAACTTTAACCTTTCTGATTGTAAAATATAACTATTTTTTAAACTGTTCTTTTTTGTTGTTTGATTTTCTCAATTTCAAAATTTTGTTTATTATAGAAGATAACAACTCCTGAATACCAATAAATATTTGGGTAATGTTTTTCAATCGAATAGCAAATCGATTATTTGTTCATTATTCTGGTGGTGGAATTCGATTAAAAGTGACACCAACATTCCTGTCACTTTCCTGTCACTCAAATGGTATTTGTCTTCATCGATGCTACGTTATTGTAAACATAAAGCGATCAAAGATTTTCAATTCTACGTCAAATCTGAATCGAAATGTAACGACAACAGTTAATGCAGATGATAAAATTATAGCAATTCAAGAAGTAGATTTTATTTTTTTTTTTAAATAATAATTTAAAAAGTTTTTGATATTTAACAATTTGCATTATAACCTTACTATGTAACAATAATTTGATTTAAATTAAAGGCAAATAAAAAAAAAAAAAACTTTTATTATCCAATAATTTTGATTCAAATTAAAGATAAAAAAAAAACAGAAAAAAAACCAAAAAATCTGAGAAAAATAACAAAATTACTGGAAGAAATTTTTGATAAAATCTAATCACTATTAGATTATAAAATTTTTACGCAATTAAAATTGTAATCTTAATTATATCAGTTCAGGTGACAAGGTATATGATACAATGTATGATAAAAACAGGTACATCAGAAAGTCATGCTAAACAATTAGCTGATGTACTGGTAGCAGCTGATATAAGAGGACATTACAGTCATGGATTAAATCGATTAGGTTTCTTTTAATTGATGATTTCTTGCAAATTTTAAAAAATTATCGAATTTTAAAATAAATCAAATAAAATAATAAATTCTATTAAAATTTATTCAGTTCGTTCAATAAATTTATAAAATTTTTTTTTAATTCGCTTTTTTTTAAAAATAAAAGTTAATATTACTTGAATATATAGCAAAATCTATATCAATTTTTTTTAATTTAAATTTTTAGTTCATTTCATATTGTTTTATATTCAAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAATACAATATAACGGTGACACATACTTTTAACCATAGCTTTATTTTCTAATTTTTTAATGGATGAAGATTTCAAATGATCATTTTTAAAACTTTGAAATAGGACAATGTAAAATAAATTATGAAAAATTTTATGAGAAAAGCTGAACTAAGGTGACAGGTAGGTATCTGTCATCATATGTCGTCTGATTCAAAAAAAAAAAATAAAAATAAATACATTTAGGTATGTATGTTCGCGATATACAGGAAGGTATATGCATGAAAGATGGTGTGCCGAAAATTCTCAAAGAGAATGCCGCAAGTGCATGGGTTGATGGAAATAATTTACTTGGCCCAGTAGTTGGCAATTTTTGCATGGATATAGCAATTAGAAAAGCCAAGGAAGCAGGTGTTGGCTGGGTTGTGGCTAAAGGTAAATTAGTGCAGTAATTGAAGATTTAATTTAGCTCAATATTTAATGAAATATGAAATTATTTGGCTATTATGATAAGAGTTTTTTATAAAAGTAAGTATTACTTTTATATTTGTAGCATATTCTACAGTGATTTTCTCTTAAATTACATCCGACTGGTTCAATTTTTCCTTATTTTTTTAATATTGAATGTAATTTAAAACTGATAGCAAAATTTCAATTCAAACTGAAATACTCGAATTTTATTTGCAATTACTGATTTTGAAATAAGTTCGCACTTTTTTTGATTTATTATTCAAAAAGTTTCATTTCTTCTAAATTTAAATAATGCATTATCATTTGCTACATAAGTGACAAATGAGGAGTAAAATTTTCTTAAAATGAGAACTAAAATTATTTAAATTTAGAAGAGATGATATTATAATGAACATTATAATATCAAATTAAGAAATTTAAAAAAAAAATCATTTTTGACTTTTCGAATATTTTACTAGGCTCATCTAATTATGAATTAAACTATAATAAGTTCAACTGATTTGAATATTTTTATCATTTATGATTAAATATTATAGGATCAAATCATTTTGGAATTGCTGGTTGGTATAGTATTCGTGCAATGAATGAAGGACTTTTAGTTATTACTTTTTTTTTCCTATTTTTTTCTCCTAAAGTGTAACTTTAAATTATTATATAACAAAAAAAAAAAAGTTAAAAACAAGAAAATAAATTTATATAACACAAAAATTAATTTTATTTTACTCAATTCATTCTATTTTTTCTTTTAAAAAAATATATAATTTTTTTAGAAGAAAAAAATGACAAAATAATTGATACAAATTTAAATTATTCTATTAAAAATTAAAATTTAAATATTTATTTTTTTCGTTTTATTTCAAATATATTTGAAGGGGATGGCATTTACAAATACATCGCCAATTATGTATCCAACTAGGTCAAGTGTCGCAGCACTTGGGACAAATCCTTTGACACTTGCTGCTAAGGCTAAAAATGACACATTCATATTGGATATGGCCACTACAACTGCTGCTATTGGAAAGGTTCGTTATTATTATCAGTTATCATATCACTAATTATCACCACTATCATATTTATTATACTGTTATATCTTTGATAAAGCGTAAAAAAACTTTTGGAAAAAAAATGAAAAATTTTTCACAGCAACATATGTTATTAAATATAATTAAAAAAAAAAAATTTCCAAATAATTCGTAATTTTTTTTTTTGTTTAGTAAGTTTTTTAGGTTGAAATAGCAGCACGTAAAGACCAAACTGTTCCGGATACATGGGGTGTGGGAAAAAACGGCTATGTTAGCAATGATCCGGCAAAAATACTGGATGGTGGCGGTCTTTTACCTCTTGGCGGAAGTGAATTAACCGGTAAATTATTTATGTATGACTGGGTGGAATTTTTTAATCAATCATTTATTTATTGCAATGATTTTTTTATAAATTAATTTATATTTTTAATTTTTTAATTTATTCGGTATAATGCAAAGAATTGATCCTTTTCCTTTTTCTGTTTTTTAATTAATAACTTATTATATAATTATGATTACTACTATAAATTAAAATTAATAAGCATTGATCAATTATTTGCAACAGAATAATGCAGAAGAATTCTTTCTTTTATTTTTAGATTATTAATTAAAATAATTAATGAATTTTTTATATGCTTTGAGCTTTTTCTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAGAAGGAATTAAATTGCAGGTGGCTATAAAGGATATTGTCTTGGTGCATTAGTGGAAATTATTTGTGGCGTACTTGGCGGTGCGCAATGGGGACCACATGTGAGACAATGGATGTCAACAGCTGTTATTGCTAATTTAGTAAGGAAAAAAACTTTTCAAATGAATAAAATTATTTTAAAAGTCTTCGTTCTTTCTTTTCATTACTTTTTAATAATAAAATTTGTTGTGTGAAATTTAATTTTAAGAAATTGCAAAATAATTTTTAACAACTAATTAACAATATTTTACTTTTTTTTTTAGGGACAATGTTTTATTGCAATTAATCCAAATGAATTTGCACCAAATTTTGAAAATCGTTTACAAGAATTTATTGATGCAATGCGAGGATTAAAATCGGTTTATTTTTAAATAATATTACTCAAAATTTATTTATTTATTTTTTCGCTACCCTCTCATTAATAATTTGATTTTTTGGAAAAAAAACTTATAATCAATTTTATCCGTCGAAAAAAGGACAAAAAAACAAAGAAGCGAATAATAAATTTTCGAAATTATTCTATAAAATATGAAAATTATTCTACTCTTTATTTTATTTAAATTTTTATTTTCTATTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTAAAAAAAAAAACCTTTTGTGTAATCCTTTCAATTATTATTTTTCTTACTAGTTTTCTTTTTTAACAATAAAAAATTTACTTTAAATAAAGTAATTTTCATTTCTCTAATAATAATAATACTAATATTTCTAATTAGCAAGAAAAAATTTTCATTTTAATTTTATATTTACTAGTATAAAAGAAAAAACATTTTTTTTTTGTTTACAGGTTGATAATAAACAAGTATTAGTAGCTGGTGATCCAGAAAACGAGCATATAGCATTGGTGGAGAAGTACGGTGGCATACCGTACCACCCAAATCAAATTAATTATGCGGTATCAAAAATTATCTCATCACTATTTTCTTTTTTTTTATTTTCTTTTGAATTTAAAAACAAATTTAAAAAAAAAAAAGAAAACATTTCAGGAAGAATTAGCTAAGACATTGGGCGTATCAGCAATGATTACAAAGAGTACCGTGTAATTGTGTTTATTTTGCATAAATATGCTAATAAAAAGAAGGAAAAGCATGGATGATCTCTTACATTTCACTTATTGCATTACCGATATTAATTAATGGGTTTTTTCCTCTTAGTTTTATTAAAAGATTTTAATTTTTAATTTTATTATAGTTCGAAATAATAAATTACTACGTTTGTAAAGGAAGATAAAAGTTAATTAAATGAATTAATCAATAAATGTATTTTTTACTTATTATTACTTATTTTTTCATCTTTTAAAATTCATTTTTTTGCAAACAATAAAGAGAAAAAATTATAATTTTATCAGTTTAACATAGTAATTGAATTATGGAAATAAGATTCGATATTAGATTTTCTTTTTTCATTTCTTTAAAATTTCATTTATTCTAACTACAAATGATCAAGCATTACTAATTTAATAATAAAAATAGATTTTCAGTTAACTGTAAATTTTTCATTTTATTTCAAAAATTCAATCTAAAATTAAAAATAATAACAAGTATTAAATTAACTTATCATTAAATATATTTATTTCACTGCTACGGGTGCTAAAATTAAAATGAATATTATTTTTTATTTTCATCTTTTTGATACATTATTGAATTTCAAAGAGAATGAAAAAGTAAAATTTTATCAAATATTGAAAATTGAAATTATCCAAATGTTTAAATCAATTAATAATTTTTTTTTATTTTTAAGGCTATTAGTATCGCATAATTTTTGCTTATTTTTTGTAAAAAAAAATTGACAGATCGTAAAGAAAAGATAATATAAAAAATTTAAAAATTAGATAAAATTATAAAAATGTAAAAACGCAAAAAAAAAAGTTTATCGGAAGAAAATAAGAGATAATATAGGATTTATACTAATAATTGATAATAATTTACAAATTTCTAAACAAAAATAATAATGCAATAATTTCAAAAATTTAAAGCAGTTTTTACAAGTTAACGTTACTATAATTTAGCTTTCTAATAGATTTGAACAATTACCAAGATTTTATGATAATTTTTCGTTTTCATTGTTAATTTTTGAAATATATACATTGTACTAAAAATTTTTGACATAAAAAATAAATATTCAATGTAAACTTTGCTGTCTAATCATAGATAATTTTTTATCAAGAAATACTTTTTATCAATAAATATTTTATCAATGAATGTTTGATTTATTATACGACGTAAAATGTTTTTAAAAAATCGATTTGTAGTTGAATGCAATAGAAATATGCATACTAACATTCAAATTTTTATTTTTCTTTAAGTTTATAAGAACTTAAAAAATGAAATTTAATTTAATTCAAAACTTCCACGTTAAATTTTATCCGAAACATTAGTTGAAAATAGATTAGTAAAAATATTAGTAAAAACTTTTTAATTTTGTTAATGTTGAAAAATTGAATTGAAAAACTGAATTACACATATAATAAATGATTAAATGACATGAAAAAGAAATTATTATTGGATTTTTAATCGCTTTGA
- use strict;
- use warnings;
- use HTTP::Tiny;
- my $http = HTTP::Tiny->new();
- my $server = 'https://parasite.wormbase.org';
- my $ext = '/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?';
- my $response = $http->get($server.$ext, {
- headers => { 'Content-type' => 'text/plain' }
- });
- die "Failed!\n" unless $response->{success};
- print "$response->{status} $response->{reason}\n";
- import requests, sys
- server = "https://parasite.wormbase.org"
- ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?"
- r = requests.get(server+ext, headers={ "Content-Type" : "text/plain", "Accept" : ""})
- if not r.ok:
- r.raise_for_status()
- sys.exit()
- print r.text
- import requests, sys
- server = "https://parasite.wormbase.org"
- ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?"
- r = requests.get(server+ext, headers={ "Content-Type" : "text/plain", "Accept" : ""})
- if not r.ok:
- r.raise_for_status()
- sys.exit()
- print(r.text)
- require 'net/http'
- require 'uri'
- server='https://parasite.wormbase.org'
- path = '/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?'
- url = URI.parse(server)
- http = Net::HTTP.new(url.host, url.port)
- request = Net::HTTP::Get.new(path, {'Content-Type' => 'text/plain'})
- response = http.request(request)
- if response.code != "200"
- puts "Invalid response: #{response.code}"
- puts response.body
- exit
- end
- puts response.body
- import java.net.URL;
- import java.net.URLConnection;
- import java.net.HttpURLConnection;
- import java.io.BufferedReader;
- import java.io.InputStream;
- import java.io.InputStreamReader;
- import java.io.IOException;
- import java.io.Reader;
- public class EnsemblRest {
- public static void main(String[] args) throws Exception {
- String server = "https://parasite.wormbase.org";
- String ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?";
- URL url = new URL(server + ext);
- URLConnection connection = url.openConnection();
- HttpURLConnection httpConnection = (HttpURLConnection)connection;
- httpConnection.setRequestProperty("Content-Type", "text/plain");
- InputStream response = connection.getInputStream();
- int responseCode = httpConnection.getResponseCode();
- if(responseCode != 200) {
- throw new RuntimeException("Response code was not 200. Detected response was "+responseCode);
- }
- String output;
- Reader reader = null;
- try {
- reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(response, "UTF-8"));
- StringBuilder builder = new StringBuilder();
- char[] buffer = new char[8192];
- int read;
- while ((read = reader.read(buffer, 0, buffer.length)) > 0) {
- builder.append(buffer, 0, read);
- }
- output = builder.toString();
- }
- finally {
- if (reader != null) try {
- reader.close();
- } catch (IOException logOrIgnore) {
- logOrIgnore.printStackTrace();
- }
- }
- System.out.println(output);
- }
- }
- curl 'https://parasite.wormbase.org/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?' -H 'Content-type:text/plain'
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GCTTTGAATTACATAAAATCATTCAATTTTATAAGAAATTTGAATTTCAATTAATTAAAA
TGAAATT
- use strict;
- use warnings;
- use HTTP::Tiny;
- my $http = HTTP::Tiny->new();
- my $server = 'https://parasite.wormbase.org';
- my $ext = '/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?expand_3prime=60;expand_5prime=60';
- my $response = $http->get($server.$ext, {
- headers => { 'Content-type' => 'text/x-fasta' }
- });
- die "Failed!\n" unless $response->{success};
- print "$response->{status} $response->{reason}\n";
- import requests, sys
- server = "https://parasite.wormbase.org"
- ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?expand_3prime=60;expand_5prime=60"
- r = requests.get(server+ext, headers={ "Content-Type" : "text/x-fasta", "Accept" : ""})
- if not r.ok:
- r.raise_for_status()
- sys.exit()
- print r.text
- import requests, sys
- server = "https://parasite.wormbase.org"
- ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?expand_3prime=60;expand_5prime=60"
- r = requests.get(server+ext, headers={ "Content-Type" : "text/x-fasta", "Accept" : ""})
- if not r.ok:
- r.raise_for_status()
- sys.exit()
- print(r.text)
- require 'net/http'
- require 'uri'
- server='https://parasite.wormbase.org'
- path = '/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?expand_3prime=60;expand_5prime=60'
- url = URI.parse(server)
- http = Net::HTTP.new(url.host, url.port)
- request = Net::HTTP::Get.new(path, {'Content-Type' => 'text/x-fasta'})
- response = http.request(request)
- if response.code != "200"
- puts "Invalid response: #{response.code}"
- puts response.body
- exit
- end
- puts response.body
- import java.net.URL;
- import java.net.URLConnection;
- import java.net.HttpURLConnection;
- import java.io.BufferedReader;
- import java.io.InputStream;
- import java.io.InputStreamReader;
- import java.io.IOException;
- import java.io.Reader;
- public class EnsemblRest {
- public static void main(String[] args) throws Exception {
- String server = "https://parasite.wormbase.org";
- String ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?expand_3prime=60;expand_5prime=60";
- URL url = new URL(server + ext);
- URLConnection connection = url.openConnection();
- HttpURLConnection httpConnection = (HttpURLConnection)connection;
- httpConnection.setRequestProperty("Content-Type", "text/x-fasta");
- InputStream response = connection.getInputStream();
- int responseCode = httpConnection.getResponseCode();
- if(responseCode != 200) {
- throw new RuntimeException("Response code was not 200. Detected response was "+responseCode);
- }
- String output;
- Reader reader = null;
- try {
- reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(response, "UTF-8"));
- StringBuilder builder = new StringBuilder();
- char[] buffer = new char[8192];
- int read;
- while ((read = reader.read(buffer, 0, buffer.length)) > 0) {
- builder.append(buffer, 0, read);
- }
- output = builder.toString();
- }
- finally {
- if (reader != null) try {
- reader.close();
- } catch (IOException logOrIgnore) {
- logOrIgnore.printStackTrace();
- }
- }
- System.out.println(output);
- }
- }
- curl 'https://parasite.wormbase.org/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?expand_3prime=60;expand_5prime=60' -H 'Content-type:text/x-fasta'
- wget -q --header='Content-type:text/x-fasta' 'https://parasite.wormbase.org/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?expand_3prime=60;expand_5prime=60' -O -
/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?content-type=application/json
{
"id": "supercontig:Bmal-4.0:Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151:13862157:1",
"seq": "AAAAAAATGATTTTACAAATCCTGCAATTTCAATTTGTGAGTAACAGCATGGAAAAATGTTATAATGAGTAAAGCTGATGAACACAGTCATTGGGTTAGATATTATAAAATGAAAAATATATATATATATATAATTTGATATGCACATGCAAATACTTTTTTGAGTGCTAAAGGTGTTAATTAGGAAGAAGTATAAACATAAAATAGCACCAATTTAATTATTATATGAAAGAAATTAATTTGAAGAACAGAAGAAAAGAAAGCAAATAATCAGAATTAGAAATGATTAAATGAAATACAATTAAAATGCTAGCAACACTTAAAGACAAAAGTCTAAAATAAGCCAATATGTTTGTAATTAATACTTAACTAAAGTCATCGAAAAAAACGAAAAATTTCAAAAAATGGAAAGAATGCTCACAAAAGAGAAATAGGATTATTCATTGTTGTACAGATTAATCACTGATAATAAATGCAACTTGCCAGTTTTAAATTTATGCTAATCTCAGTATTATCGTACACCGTTTTTAATTTTAAATTGTATTTTTAAAGTTGCAATAAAAATTATCTGAAATAATACTAATCGAACAAAGTTAAAAATTGTTTAAATCTTTGGTCTTATAATTCCAACCAATCTGAAATAAAAAACATTCATCTGAGCTTCTACCATTTCTGAATATTCACAAAGCTCTCGGTTACATCGATGGTACAAATTGTTTGGTTCAGTCTTCTGCTTTGCATCTTTTGCGTTTCGGCTCAGAGTGGTGCGTTCTCTTTCTTTGCTCTTAGCAACCGGTGCTGGTAACCCATGACAGGAAGTTATTTTTGTTGATTTCTACCAAATTTCATTTTTCAGATGATTCATCGGGCCAAGATTCACGAGATCAACAGAATCAATCAGGTAATCAGGAATTGGAAGAGGATGATATTCCAGATGACTTCGAATGGTTATTATTTGGTTATAAAAAGCCAACGCAATCATCTACTGTGAAAGCCCCTTCTATAAAAGGTAGCATTAAAACTACTTTTCAAATATAAATCTAAAATAGATCAAAAGGGTTTTCTACACCATATTAATTGGAAATGAATTTTAAATTTTAAAATATGCTTTTGCAGCACTGATCTTATCATCGTCACTTTCAAGTGACATCATTTAATTAACAAATTGTGTGATAGTTGAGTGTAAACAGAAAGCTCATATCAGATCAGAAGAAGTATGAATGCGGTTTTCCGGGCTGTGATGCAAGCACTTGGGACCGAAAGGAATATTTGAGACACATCATCAAGCACAATCAACCAGGCCTTTATCGATGTAACTGGCTTAGATGTAAAAGTGAATATCGATGTTTATCAGCACTTCGTCAGCATTATCAAAAACATCAATCTAAATTTGCATGCAAAAAATGCGGTGCTTCATTCTTCTACAGGTCTTTGCTAAAACATCATACCGATTATTGCAGCAAAGGATGCAGTTAGTTTTGCTAATTTAAATTTAATTTCAACAAATTCATTTACGTGGAATAGAACACACGTAAACGTAAAAACGTGCTCCTAGACATTTATGACGGTGGAGTAGTAATAGAAAACTGTATGATATTGCAATATTTTTTAATCGAAGTAAAAACTATCGTTTGTTTTGCGTCTAGAGCAGTTAGTTCATAACAGCTACCAATTCATAGTCCAAATAATTTAAAAAATTTTCCTCAGTTGAAATCACACCGATAAAGCTGAGTAAAACTAACAGAGAAACGAATGCTGTATTTCCTTTGATTTTTTAATACGTGAAATACATGTAGAAAACATATTTGTGAAGTTAAACTGTAGTGAAACAAATGTCATATTAGGAATTTTTCAGGTAATTCCATTGTTTGAGTGTCCCATTCCTGGGTGTTTTGCAAGCATAATAGAGCATAAATTTCCACAACACCTCGAAACACATAAGAAAAATGGTTTCTACAAATGCAACTGATTAGGATGTGAAATGAGTGTTTTTATTTGTCACACCTTTGCAGATACTACCAGCAACATCAACCTGAAAAGTTTAAGTGCAACTACTTCGATGCAGTTTAAGGACTTACTAAAACGTCACATGGATAATCACAAAACACGCCGTTAGTTTCGCAAATTTATTTAACATCAAAAGATTTCCAACAAGTTTGTCAACGTAAGATGCAGCATACATGAAAATATGTTTATGGAATTTACGGTCGTGAAGTGGTCATAAATGTCGTTAAAAATAACGAAATAACGCAGTGGATGCACAACCAATTATCTAATAATCAAATGAGAAATACACTTCTTTTCAGGTTTGAAGTGATAACTCAAAAATGTTCATTTTAGGTCGAATGGAAAATTTGCAGTTCGGACATGCTTTAGTAAACACACAAGAAGAAGATGTATCTAGTCAAAGCTATAATATTCTCGACGATTTCAATTTGGCATTGTTCGATTCAGGTAAATGTTTTATAAAATTTTTATTTCTCTTGTCGTAATGAAGTGACATCTAAAAAATGTTTATTCCAGGCTCAACGGAAGAAGACTTGCAGTTAAAACATAGTTCGTTAAACACCGAAAAAGAAAATGCTCCTAGCCAAAGCTATAATATTCTCGACGATTTCAATTTGGCATTGTTCGATTCAGGTAAATGTTTTATAAAATTTTTATTTCTCTTGTCGTAATGAAGTGACATCTAAAAAATGTTTATTCCAGGCTCAACGGAAGAAGACTTGCAGTTAAAACATAGTTCGTCAAACACCGAAAAAGAAAATGCTCCTAGCCAAAGCTATAATATTCTCGACGATTTCAATTTGGCATTGTTCGATTCAGGTAAATGTTTTATAAAATTTTTATTTCTCTTGTCGTAATGAAGTGACATCTAAAAAATGTTTATTCCAGGCTCAACGGAAGAAGACTTGCAGTTAAAACATAGTTCGTCAAACACCGAAAAAGAAAATGCTCCTAGCCAAAGCTATAATATTCTCGACGATTTCAATTTGGCATTGTTCGATTCAGGTAAATGTTTTATAAAATTTTTATTTCTCTTGTCGTAATGAAGTGACATCTAAAAAATGTTTATTCCAGGCTCAACGGAAGAAGACTTGCAGTTAAAACATAGTTCGTCAAACACCGAAAAAGAAAATGCTCCTAGCCAAAGCTATAATATTCTCGACGATTTCAATTTGGCACTATTTGATTCAGGTACGGGCACATATGGAAATACTAATGAAGTATCATTGTGAACTTATTTTAGAAGAATTTATTTTTAATATTTCATCCAATCGCTTGGAGTTTGATTGTTAATGTCGTGTAACATTACTTGATGATAAATACACTTTTTTAAAAAATTTTAAACAACCGCATGTATTTTTCTTGACTGCAAATACTGTGATTTTGACTTTGAATATCATTCAGACTGCAACGCAAAATTGCTATCATTTACGAAAATATTTTGAAGTAAATAATAAAAACTTTTAAGTCATTCAAAGAATAGAAGCAAATAGATAACTCATTTTTGAAAACGTTTGTAAAAATTGGCTCATTTTGATAGTCAATAGTATTTTAGGTTAGAACCTGAAAAAGTGTTTGAGCTATCAAACGAAAGACAAAACCCTGACAAATCGATTTTGTAACATGAATAAACAACTTATAACACTTTTGCATCCCAAATGAGAAACTTAGTAATTTTTATGAAATAAAATTTCGAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAGAAAAAGCATTTGTAAAAATGATCTGATATCCTTTTTCGTTGAAGCACAGCTGTGTTAACTTTCCGTAACCGAATGAAATGGAATGAATGACTCAGCTGTAGAAGTCAACTTGGCAAGAAGCTAAATGTCATCATAAAGGTCAGTGTGTTTTGATGCACTCCCACAAATGGAATTTAGAATAATAGAATAATTTTCTCAAAAACAAAAAAAAGCGCACATCTGCCGAAAGGTACACTTATTATTCGAATATATAAGAGGAATCAATTTTCTGATCATTTGATCTTATCATTTCTTTATCACCGCTTCGAATAAGACTGACAAATTAGTAGGTTCTTTTTTATGAATAATTAAAGATTACTATTAATTCGTGATTGAGTTACTTCAATGTGAGTTTTACTTCTAAAAAATGTGATCTTTGGACAGTGGACTGTTTTAAAGAAAAAAATCATAAGGAACAATGCTTGGAATTAACTAATGGATAGTTGGAGCGATGGAAGTAGAAGCGATATTTTATTTTGGCTTGCAATAACTTACTTTAGCGCAATTTATGCAAATGCGATTAATATTTGGTTGTTTTTGCAGGAAGAGAAAATGAATAAACTTTTAATAGCATTCGGTTTGGTAATTCTTTTTGTGACACTTCCGTGTGCATCAGAATCAGACGAAGAGTTCGATGTAACTTTTGCAAATTTATTAAAGAAATAAGAAACCACTATGTTAACCAAATCACTAAATCGACAGTAGTAGTACAGACCTAGCCAGGTCACGGGATAGTACGTGAGACAAACTGATAAGCAGGTGGTAACGTGGAGCTCTTTCGAGAAAATGACTTATGAGTTGACTGAAATGAGACATAATGCAGGACTTGAATTGCCACCATTTCTTTTCAAATCCATCAAAAAGAAAATATTTTTTTTAGGACTCCGCAGCCGATGACACCGACGACAGCGAGGACGGAGGTGGTAGTGAAGGAGGTGATGAATATGTAACCAAAGGGGAATTTGTTGAAACTGATGGCAAGTGAGTCGTTTGGTACTTTCAATAATTTGAATCCTTCAAAATATTTCTGAGGAATCGGTTCCCTTTCCATCTCACTTTTTATGGGTCCTTTTATTAAAAATGTGTTATTTGTATCGCTGCAATCTTTCATTTCGCTCTGAAATAGTTATTTCTTAAATTGACTCCAAAATGTTCCATATCAATGTCACACATTACCTTACTTATGAAAATGTCACACATTAACTTACTTATGAAAATGTCACACATTACCTTACTTATGAAAATGTCACACATTACCTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACCTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACCTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACCTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACCTTACTTATGAAAATGTCACACATTACTTTACTTATGAAAATGTCACACATTACCTTACTTACGAAAATGTCACATATCACTTACTTAGGAAAAAAGTTCACAAATAATACAAATAAAGAGCTCACCTCACTTTTCCATTCGATTGTTTGCAGAAAGAAAGAGTGCTCTTCGCACGAAGCTTGCTACGATCAACGTGAACCACAAGCGTGGTGCAGACTGAGCGAGAATCAGGCATGGACGTAAGCCACTTCAATCATTTCTTGCGGAAATTACTTCTCAGTGTTCCTCAAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAATGTTCCTCAAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAGTGTTCCCCACAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAGTGTTCCCCACAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAGTGTTCCCCACAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAGTGTTCCCCACAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAGTGTTCCCCACAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAGTGTTCCCCACAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTCCCTCCCAGTGTTCCCCACAACTGTCAACGCTGTGTCCCCACTTCTTAATAGCACTAATAAGTCATATTTCAGTGACAGAGGCTGCTTCTGCGAAGATAAGTTGCATTCGTGCGTCATCGAAAGAACGAACAATGGTAAATTGGAGTATTCGTACTGTGCACCTGAAGCAGGTTGGCAATGCGCATAGGACTGAATCAGTCTTTGATACTACCAACTTTCCATCCATTTCTTACACTTTTCAAATTTAATTCTTTCTAACAAATAACATTTAACTTTGGTTTTACCGCTATTTTATTAAATATTGGAAATATGTGCGACAATCAAATATGTCACATCACATTACATTGTGTCACAGATTTCTATTAAAATCTTTAATGTAATATTATTTTAATAAAGAAAAGGAAGAACGAATAAACTATATTATAATGGACTATAATAGTTGCATCAATAATCAATTCTGTTAGCTGATTAATATTTCGAATATTACGCATATGCAAATCTAAGAGACTTTTTTATTTTCCATTTATCATTTTGTAAGTGTGTGATTAATGGCTCATTGTAAATTATTTTGTACTATTTTATAAAAAGGAAATGAATGAAACGATAAGAAATATAAGTAAAGTTTTATCACAGAATGCAAAAACTGTCACTGATAAAAATGTGGCATATAATATATAAACTTTTATGGTTTTTTTCACTATTTCACTTCATTTGTTCTCACTAAATTTGACAAAAAACAAAAATGGCGATAAACATTTGTAATTTAGAATAATTGCTTCAATCTATTCATCGATTAGATATTCATATCCAACCGAAATAAACTCCTCTGCAATTGAATAGCATTACGGCTAATTGCAGATGAAGTACTTTTCAAAATGAATGATCAAACAAGAAACTGTTTGGTAGTTTATTTTGGTTCAAAAGGTTCCTACAAGAAAAATAGCACCGTACTTACCAACCTCAACGTATCAGTGGAACGCATCCCGCATAAGTACCTAAGCCATTCCTTGGTATCATCTATTCAATACAAATCAATTAAGATCATGAGAAAAAGGTCTAAATAGAAGAAAATTCAGAAAGAAATACTCAAAATATGCTAACAAATGCTTTTTATAATTTATAGTTAACTGATGTTATCAGTATGATCAAAAATTAAAAATCAAAAAAAAAATACAAATTGAGTATTACCACTTCAATGCCACTTCAATCACTGTTGAATTGGTCATCGTCAATTATCCGTCAATTTTTTCATTTATGCAAAAATTTTCACATAATTTCATAAAAGTGCGAATACAAACAGAAATGATCAAAAATTAAAACTGACCTTATCATAGCAGAAAGTTGACAATTGTCCATTTTAGGTGGTCATTTAATTAATGCTGTCATTAAAATAAGCTTACAAAACAAAGTGTTCCGAACTAATAAATTGTGTTAAGTTTAATTTATTGTACTGTTATTTTTGTGATCACAAATGTCACATTAATTAAAAGCTATTCTTTCCTTTTCTTTATCTTTCACTGATATGCTTGATTATCTGTGACAGATGACACACACCAAAAAGCATAGTATTAGCAGCATTCACTCTTAATTGTTATATCTTTTGGCTGCAGTTAGCTTATTTGCAATTTGCAAGGGTTATAGTTAGAATTTCAAAAAAAAAAATGAATTTATCATCGTCATTTCTAGGAGCATTCGCTTCCAGTAGTATATCGTTTGATTTTTGATCTTTCATCGTTAAAATTAAATCCAAACGATAGTCGAATAATACTAACCATTAACTAGAATTTGGCATTGATATCATTCATTTCTCTTTTTTAAATTTAAAATTTTTGTATTAAAGAAAAAAAGAGACAAATTTAGCAAATATTAACTAAAAATGTTATTTTTGTTTTTCTGTTTACATTTAACAAGTTATGCATTACAATTATATTATCTTACTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCATTTTAATTTTATCACATTATTGCTGAAGTTTTTATCACTTCAAAAAATTATTATCACTGCAACATCTATTATCATAATTTGCTTGCATTTAGTTACCATTTATTAATTAATAAAATAAAAGGACAAAGACTTTTTCCTCATTTTTGTTTTTTTTTAAATCAATCAGTTTAAGATAAATGATAAGATATGTTATCAGTTGTACATATCGTCAGCTGTTTCATAAAATTATACTCATCAAAAACATTCAATCATGATCATTTTATGTCAGATTAAAAGTTTATGATTATTTTGATAACAAATCAATCAATAGCTGATAATAATGCAATTGATTTATTTTTTTTAATCATATGCCAAATGAATTAAATACTTATTTATTCTTTTTTTTTTTTAAAATTTGTTTTTTCTTTTTCTTTCTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTACTTCTTACGGAATTTGTTTACCGTCAAAATTTTACGATTTGTAAAAATATTTTACCATCAATGACAACTGTCTCTATTTTGCAATGTATTGTAAATATTCACTCCTTTTTGTTTTTTATTTTTGTTTTTCTGATTTTTAATTTGCAATAATATTAGAAATGACAAGGAGTTAAAATTGATGAGGGATGTGTTATGATCAAATAACAAAATAATTTACTCATTGCTTCACATTTTTAACTTACTACTCACTTCTTCTTCTCTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTATCATTTTTTATCATATGTTTAAAAATTAATACAATCGATTCGTCTCTTAGTTTATTTTAATTGATAATTTAAGCAATTCATTCTTCTCATAAAAATTTTTTAAATTTAAGATGATTTTCGAAACATTTCCAATTTATTAAGTAATAATAATAATAATAATAAACAGTAGTATTATTAACTAATAAAATAGTGGTGAATTAATTAATTATTAAAATATTATATGTTGTACAATACTTATACGTTTGATCCTTTTTCTTATGTACAACAATAAATTACATATGAAATAGTTTATATAATAATAAATTGTATATTTAAAAAAATATTAAATGCGTATTCAAATGTAAATTGAGCGTTAAATAATTTGTTATCACCAATTTGTCGACAATTATTTTGTTTTTTTTTAATTACCATTGTTTACTGATTAATTTTCTACTATTTATGATTATCGTTCATCACATTTCATTTATCATTTTAAAAAATTTAATCACTTATACACAAATGAATGGCATTGACAAATTATTAATATAAGTAAACTTTAACCTTTCTGATTGTAAAATATAACTATTTTTTAAACTGTTCTTTTTTGTTGTTTGATTTTCTCAATTTCAAAATTTTGTTTATTATAGAAGATAACAACTCCTGAATACCAATAAATATTTGGGTAATGTTTTTCAATCGAATAGCAAATCGATTATTTGTTCATTATTCTGGTGGTGGAATTCGATTAAAAGTGACACCAACATTCCTGTCACTTTCCTGTCACTCAAATGGTATTTGTCTTCATCGATGCTACGTTATTGTAAACATAAAGCGATCAAAGATTTTCAATTCTACGTCAAATCTGAATCGAAATGTAACGACAACAGTTAATGCAGATGATAAAATTATAGCAATTCAAGAAGTAGATTTTATTTTTTTTTTTAAATAATAATTTAAAAAGTTTTTGATATTTAACAATTTGCATTATAACCTTACTATGTAACAATAATTTGATTTAAATTAAAGGCAAATAAAAAAAAAAAAAACTTTTATTATCCAATAATTTTGATTCAAATTAAAGATAAAAAAAAAACAGAAAAAAAACCAAAAAATCTGAGAAAAATAACAAAATTACTGGAAGAAATTTTTGATAAAATCTAATCACTATTAGATTATAAAATTTTTACGCAATTAAAATTGTAATCTTAATTATATCAGTTCAGGTGACAAGGTATATGATACAATGTATGATAAAAACAGGTACATCAGAAAGTCATGCTAAACAATTAGCTGATGTACTGGTAGCAGCTGATATAAGAGGACATTACAGTCATGGATTAAATCGATTAGGTTTCTTTTAATTGATGATTTCTTGCAAATTTTAAAAAATTATCGAATTTTAAAATAAATCAAATAAAATAATAAATTCTATTAAAATTTATTCAGTTCGTTCAATAAATTTATAAAATTTTTTTTTAATTCGCTTTTTTTTAAAAATAAAAGTTAATATTACTTGAATATATAGCAAAATCTATATCAATTTTTTTTAATTTAAATTTTTAGTTCATTTCATATTGTTTTATATTCAAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAATACAATATAACGGTGACACATACTTTTAACCATAGCTTTATTTTCTAATTTTTTAATGGATGAAGATTTCAAATGATCATTTTTAAAACTTTGAAATAGGACAATGTAAAATAAATTATGAAAAATTTTATGAGAAAAGCTGAACTAAGGTGACAGGTAGGTATCTGTCATCATATGTCGTCTGATTCAAAAAAAAAAAATAAAAATAAATACATTTAGGTATGTATGTTCGCGATATACAGGAAGGTATATGCATGAAAGATGGTGTGCCGAAAATTCTCAAAGAGAATGCCGCAAGTGCATGGGTTGATGGAAATAATTTACTTGGCCCAGTAGTTGGCAATTTTTGCATGGATATAGCAATTAGAAAAGCCAAGGAAGCAGGTGTTGGCTGGGTTGTGGCTAAAGGTAAATTAGTGCAGTAATTGAAGATTTAATTTAGCTCAATATTTAATGAAATATGAAATTATTTGGCTATTATGATAAGAGTTTTTTATAAAAGTAAGTATTACTTTTATATTTGTAGCATATTCTACAGTGATTTTCTCTTAAATTACATCCGACTGGTTCAATTTTTCCTTATTTTTTTAATATTGAATGTAATTTAAAACTGATAGCAAAATTTCAATTCAAACTGAAATACTCGAATTTTATTTGCAATTACTGATTTTGAAATAAGTTCGCACTTTTTTTGATTTATTATTCAAAAAGTTTCATTTCTTCTAAATTTAAATAATGCATTATCATTTGCTACATAAGTGACAAATGAGGAGTAAAATTTTCTTAAAATGAGAACTAAAATTATTTAAATTTAGAAGAGATGATATTATAATGAACATTATAATATCAAATTAAGAAATTTAAAAAAAAAATCATTTTTGACTTTTCGAATATTTTACTAGGCTCATCTAATTATGAATTAAACTATAATAAGTTCAACTGATTTGAATATTTTTATCATTTATGATTAAATATTATAGGATCAAATCATTTTGGAATTGCTGGTTGGTATAGTATTCGTGCAATGAATGAAGGACTTTTAGTTATTACTTTTTTTTTCCTATTTTTTTCTCCTAAAGTGTAACTTTAAATTATTATATAACAAAAAAAAAAAAGTTAAAAACAAGAAAATAAATTTATATAACACAAAAATTAATTTTATTTTACTCAATTCATTCTATTTTTTCTTTTAAAAAAATATATAATTTTTTTAGAAGAAAAAAATGACAAAATAATTGATACAAATTTAAATTATTCTATTAAAAATTAAAATTTAAATATTTATTTTTTTCGTTTTATTTCAAATATATTTGAAGGGGATGGCATTTACAAATACATCGCCAATTATGTATCCAACTAGGTCAAGTGTCGCAGCACTTGGGACAAATCCTTTGACACTTGCTGCTAAGGCTAAAAATGACACATTCATATTGGATATGGCCACTACAACTGCTGCTATTGGAAAGGTTCGTTATTATTATCAGTTATCATATCACTAATTATCACCACTATCATATTTATTATACTGTTATATCTTTGATAAAGCGTAAAAAAACTTTTGGAAAAAAAATGAAAAATTTTTCACAGCAACATATGTTATTAAATATAATTAAAAAAAAAAAATTTCCAAATAATTCGTAATTTTTTTTTTTGTTTAGTAAGTTTTTTAGGTTGAAATAGCAGCACGTAAAGACCAAACTGTTCCGGATACATGGGGTGTGGGAAAAAACGGCTATGTTAGCAATGATCCGGCAAAAATACTGGATGGTGGCGGTCTTTTACCTCTTGGCGGAAGTGAATTAACCGGTAAATTATTTATGTATGACTGGGTGGAATTTTTTAATCAATCATTTATTTATTGCAATGATTTTTTTATAAATTAATTTATATTTTTAATTTTTTAATTTATTCGGTATAATGCAAAGAATTGATCCTTTTCCTTTTTCTGTTTTTTAATTAATAACTTATTATATAATTATGATTACTACTATAAATTAAAATTAATAAGCATTGATCAATTATTTGCAACAGAATAATGCAGAAGAATTCTTTCTTTTATTTTTAGATTATTAATTAAAATAATTAATGAATTTTTTATATGCTTTGAGCTTTTTCTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAGAAGGAATTAAATTGCAGGTGGCTATAAAGGATATTGTCTTGGTGCATTAGTGGAAATTATTTGTGGCGTACTTGGCGGTGCGCAATGGGGACCACATGTGAGACAATGGATGTCAACAGCTGTTATTGCTAATTTAGTAAGGAAAAAAACTTTTCAAATGAATAAAATTATTTTAAAAGTCTTCGTTCTTTCTTTTCATTACTTTTTAATAATAAAATTTGTTGTGTGAAATTTAATTTTAAGAAATTGCAAAATAATTTTTAACAACTAATTAACAATATTTTACTTTTTTTTTTAGGGACAATGTTTTATTGCAATTAATCCAAATGAATTTGCACCAAATTTTGAAAATCGTTTACAAGAATTTATTGATGCAATGCGAGGATTAAAATCGGTTTATTTTTAAATAATATTACTCAAAATTTATTTATTTATTTTTTCGCTACCCTCTCATTAATAATTTGATTTTTTGGAAAAAAAACTTATAATCAATTTTATCCGTCGAAAAAAGGACAAAAAAACAAAGAAGCGAATAATAAATTTTCGAAATTATTCTATAAAATATGAAAATTATTCTACTCTTTATTTTATTTAAATTTTTATTTTCTATTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTAAAAAAAAAAACCTTTTGTGTAATCCTTTCAATTATTATTTTTCTTACTAGTTTTCTTTTTTAACAATAAAAAATTTACTTTAAATAAAGTAATTTTCATTTCTCTAATAATAATAATACTAATATTTCTAATTAGCAAGAAAAAATTTTCATTTTAATTTTATATTTACTAGTATAAAAGAAAAAACATTTTTTTTTTGTTTACAGGTTGATAATAAACAAGTATTAGTAGCTGGTGATCCAGAAAACGAGCATATAGCATTGGTGGAGAAGTACGGTGGCATACCGTACCACCCAAATCAAATTAATTATGCGGTATCAAAAATTATCTCATCACTATTTTCTTTTTTTTTATTTTCTTTTGAATTTAAAAACAAATTTAAAAAAAAAAAAGAAAACATTTCAGGAAGAATTAGCTAAGACATTGGGCGTATCAGCAATGATTACAAAGAGTACCGTGTAATTGTGTTTATTTTGCATAAATATGCTAATAAAAAGAAGGAAAAGCATGGATGATCTCTTACATTTCACTTATTGCATTACCGATATTAATTAATGGGTTTTTTCCTCTTAGTTTTATTAAAAGATTTTAATTTTTAATTTTATTATAGTTCGAAATAATAAATTACTACGTTTGTAAAGGAAGATAAAAGTTAATTAAATGAATTAATCAATAAATGTATTTTTTACTTATTATTACTTATTTTTTCATCTTTTAAAATTCATTTTTTTGCAAACAATAAAGAGAAAAAATTATAATTTTATCAGTTTAACATAGTAATTGAATTATGGAAATAAGATTCGATATTAGATTTTCTTTTTTCATTTCTTTAAAATTTCATTTATTCTAACTACAAATGATCAAGCATTACTAATTTAATAATAAAAATAGATTTTCAGTTAACTGTAAATTTTTCATTTTATTTCAAAAATTCAATCTAAAATTAAAAATAATAACAAGTATTAAATTAACTTATCATTAAATATATTTATTTCACTGCTACGGGTGCTAAAATTAAAATGAATATTATTTTTTATTTTCATCTTTTTGATACATTATTGAATTTCAAAGAGAATGAAAAAGTAAAATTTTATCAAATATTGAAAATTGAAATTATCCAAATGTTTAAATCAATTAATAATTTTTTTTTATTTTTAAGGCTATTAGTATCGCATAATTTTTGCTTATTTTTTGTAAAAAAAAATTGACAGATCGTAAAGAAAAGATAATATAAAAAATTTAAAAATTAGATAAAATTATAAAAATGTAAAAACGCAAAAAAAAAAGTTTATCGGAAGAAAATAAGAGATAATATAGGATTTATACTAATAATTGATAATAATTTACAAATTTCTAAACAAAAATAATAATGCAATAATTTCAAAAATTTAAAGCAGTTTTTACAAGTTAACGTTACTATAATTTAGCTTTCTAATAGATTTGAACAATTACCAAGATTTTATGATAATTTTTCGTTTTCATTGTTAATTTTTGAAATATATACATTGTACTAAAAATTTTTGACATAAAAAATAAATATTCAATGTAAACTTTGCTGTCTAATCATAGATAATTTTTTATCAAGAAATACTTTTTATCAATAAATATTTTATCAATGAATGTTTGATTTATTATACGACGTAAAATGTTTTTAAAAAATCGATTTGTAGTTGAATGCAATAGAAATATGCATACTAACATTCAAATTTTTATTTTTCTTTAAGTTTATAAGAACTTAAAAAATGAAATTTAATTTAATTCAAAACTTCCACGTTAAATTTTATCCGAAACATTAGTTGAAAATAGATTAGTAAAAATATTAGTAAAAACTTTTTAATTTTGTTAATGTTGAAAAATTGAATTGAAAAACTGAATTACACATATAATAAATGATTAAATGACATGAAAAAGAAATTATTATTGGATTTTTAATCGCTTTGA",
"query": "Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1",
"molecule": "dna"
}
- use strict;
- use warnings;
- use HTTP::Tiny;
- my $http = HTTP::Tiny->new();
- my $server = 'https://parasite.wormbase.org';
- my $ext = '/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?';
- my $response = $http->get($server.$ext, {
- headers => { 'Content-type' => 'application/json' }
- });
- die "Failed!\n" unless $response->{success};
- use JSON;
- use Data::Dumper;
- if(length $response->{content}) {
- my $hash = decode_json($response->{content});
- local $Data::Dumper::Terse = 1;
- local $Data::Dumper::Indent = 1;
- print Dumper $hash;
- print "\n";
- }
- import requests, sys
- server = "https://parasite.wormbase.org"
- ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?"
- r = requests.get(server+ext, headers={ "Content-Type" : "application/json", "Accept" : ""})
- if not r.ok:
- r.raise_for_status()
- sys.exit()
- decoded = r.json()
- print repr(decoded)
- import requests, sys
- server = "https://parasite.wormbase.org"
- ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?"
- r = requests.get(server+ext, headers={ "Content-Type" : "application/json", "Accept" : ""})
- if not r.ok:
- r.raise_for_status()
- sys.exit()
- decoded = r.json()
- print(repr(decoded))
- require 'net/http'
- require 'uri'
- server='https://parasite.wormbase.org'
- path = '/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?'
- url = URI.parse(server)
- http = Net::HTTP.new(url.host, url.port)
- request = Net::HTTP::Get.new(path, {'Content-Type' => 'application/json'})
- response = http.request(request)
- if response.code != "200"
- puts "Invalid response: #{response.code}"
- puts response.body
- exit
- end
- require 'rubygems'
- require 'json'
- require 'yaml'
- result = JSON.parse(response.body)
- puts YAML::dump(result)
- import java.net.URL;
- import java.net.URLConnection;
- import java.net.HttpURLConnection;
- import java.io.BufferedReader;
- import java.io.InputStream;
- import java.io.InputStreamReader;
- import java.io.IOException;
- import java.io.Reader;
- public class EnsemblRest {
- public static void main(String[] args) throws Exception {
- String server = "https://parasite.wormbase.org";
- String ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?";
- URL url = new URL(server + ext);
- URLConnection connection = url.openConnection();
- HttpURLConnection httpConnection = (HttpURLConnection)connection;
- httpConnection.setRequestProperty("Content-Type", "application/json");
- InputStream response = connection.getInputStream();
- int responseCode = httpConnection.getResponseCode();
- if(responseCode != 200) {
- throw new RuntimeException("Response code was not 200. Detected response was "+responseCode);
- }
- String output;
- Reader reader = null;
- try {
- reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(response, "UTF-8"));
- StringBuilder builder = new StringBuilder();
- char[] buffer = new char[8192];
- int read;
- while ((read = reader.read(buffer, 0, buffer.length)) > 0) {
- builder.append(buffer, 0, read);
- }
- output = builder.toString();
- }
- finally {
- if (reader != null) try {
- reader.close();
- } catch (IOException logOrIgnore) {
- logOrIgnore.printStackTrace();
- }
- }
- System.out.println(output);
- }
- }
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- wget -q --header='Content-type:application/json' 'https://parasite.wormbase.org/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?' -O -
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ttacacatataataaatgattaaatgacatgaaaaagaaattATTATTGGATTTTTAATC
GCTTTGa
- use strict;
- use warnings;
- use HTTP::Tiny;
- my $http = HTTP::Tiny->new();
- my $server = 'https://parasite.wormbase.org';
- my $ext = '/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?mask=soft';
- my $response = $http->get($server.$ext, {
- headers => { 'Content-type' => 'text/x-fasta' }
- });
- die "Failed!\n" unless $response->{success};
- print "$response->{status} $response->{reason}\n";
- import requests, sys
- server = "https://parasite.wormbase.org"
- ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?mask=soft"
- r = requests.get(server+ext, headers={ "Content-Type" : "text/x-fasta", "Accept" : ""})
- if not r.ok:
- r.raise_for_status()
- sys.exit()
- print r.text
- import requests, sys
- server = "https://parasite.wormbase.org"
- ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?mask=soft"
- r = requests.get(server+ext, headers={ "Content-Type" : "text/x-fasta", "Accept" : ""})
- if not r.ok:
- r.raise_for_status()
- sys.exit()
- print(r.text)
- require 'net/http'
- require 'uri'
- server='https://parasite.wormbase.org'
- path = '/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?mask=soft'
- url = URI.parse(server)
- http = Net::HTTP.new(url.host, url.port)
- request = Net::HTTP::Get.new(path, {'Content-Type' => 'text/x-fasta'})
- response = http.request(request)
- if response.code != "200"
- puts "Invalid response: #{response.code}"
- puts response.body
- exit
- end
- puts response.body
- import java.net.URL;
- import java.net.URLConnection;
- import java.net.HttpURLConnection;
- import java.io.BufferedReader;
- import java.io.InputStream;
- import java.io.InputStreamReader;
- import java.io.IOException;
- import java.io.Reader;
- public class EnsemblRest {
- public static void main(String[] args) throws Exception {
- String server = "https://parasite.wormbase.org";
- String ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?mask=soft";
- URL url = new URL(server + ext);
- URLConnection connection = url.openConnection();
- HttpURLConnection httpConnection = (HttpURLConnection)connection;
- httpConnection.setRequestProperty("Content-Type", "text/x-fasta");
- InputStream response = connection.getInputStream();
- int responseCode = httpConnection.getResponseCode();
- if(responseCode != 200) {
- throw new RuntimeException("Response code was not 200. Detected response was "+responseCode);
- }
- String output;
- Reader reader = null;
- try {
- reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(response, "UTF-8"));
- StringBuilder builder = new StringBuilder();
- char[] buffer = new char[8192];
- int read;
- while ((read = reader.read(buffer, 0, buffer.length)) > 0) {
- builder.append(buffer, 0, read);
- }
- output = builder.toString();
- }
- finally {
- if (reader != null) try {
- reader.close();
- } catch (IOException logOrIgnore) {
- logOrIgnore.printStackTrace();
- }
- }
- System.out.println(output);
- }
- }
- curl 'https://parasite.wormbase.org/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?mask=soft' -H 'Content-type:text/x-fasta'
- wget -q --header='Content-type:text/x-fasta' 'https://parasite.wormbase.org/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?mask=soft' -O -
/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?content-type=text/x-fasta
>supercontig:Bmal-4.0:Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151:13862157:1
AAAAAAATGATTTTACAAATCCTGCAATTTCAATTTGTGAGTAACAGCATGGAAAAATGT
TATAATGAGTAAAGCTGATGAACACAGTCATTGGGTTAGATATTATAAAATGAAAAATAT
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CCAGTAGTTGGCAATTTTTGCATGGATATAGCAATTAGAAAAGCCAAGGAAGCAGGTGTT
GGCTGGGTTGTGGCTAAAGGTAAATTAGTGCAGTAATTGAAGATTTAATTTAGCTCAATA
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GGCGGTCTTTTACCTCTTGGCGGAAGTGAATTAACCGGTAAATTATTTATGTATGACTGG
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AAATATTAGTAAAAACTTTTTAATTTTGTTAATGTTGAAAAATTGAATTGAAAAACTGAA
TTACACATATAATAAATGATTAAATGACATGAAAAAGAAATTATTATTGGATTTTTAATC
GCTTTGA
- use strict;
- use warnings;
- use HTTP::Tiny;
- my $http = HTTP::Tiny->new();
- my $server = 'https://parasite.wormbase.org';
- my $ext = '/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?';
- my $response = $http->get($server.$ext, {
- headers => { 'Content-type' => 'text/x-fasta' }
- });
- die "Failed!\n" unless $response->{success};
- print "$response->{status} $response->{reason}\n";
- import requests, sys
- server = "https://parasite.wormbase.org"
- ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?"
- r = requests.get(server+ext, headers={ "Content-Type" : "text/x-fasta", "Accept" : ""})
- if not r.ok:
- r.raise_for_status()
- sys.exit()
- print r.text
- import requests, sys
- server = "https://parasite.wormbase.org"
- ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?"
- r = requests.get(server+ext, headers={ "Content-Type" : "text/x-fasta", "Accept" : ""})
- if not r.ok:
- r.raise_for_status()
- sys.exit()
- print(r.text)
- require 'net/http'
- require 'uri'
- server='https://parasite.wormbase.org'
- path = '/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?'
- url = URI.parse(server)
- http = Net::HTTP.new(url.host, url.port)
- request = Net::HTTP::Get.new(path, {'Content-Type' => 'text/x-fasta'})
- response = http.request(request)
- if response.code != "200"
- puts "Invalid response: #{response.code}"
- puts response.body
- exit
- end
- puts response.body
- import java.net.URL;
- import java.net.URLConnection;
- import java.net.HttpURLConnection;
- import java.io.BufferedReader;
- import java.io.InputStream;
- import java.io.InputStreamReader;
- import java.io.IOException;
- import java.io.Reader;
- public class EnsemblRest {
- public static void main(String[] args) throws Exception {
- String server = "https://parasite.wormbase.org";
- String ext = "/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?";
- URL url = new URL(server + ext);
- URLConnection connection = url.openConnection();
- HttpURLConnection httpConnection = (HttpURLConnection)connection;
- httpConnection.setRequestProperty("Content-Type", "text/x-fasta");
- InputStream response = connection.getInputStream();
- int responseCode = httpConnection.getResponseCode();
- if(responseCode != 200) {
- throw new RuntimeException("Response code was not 200. Detected response was "+responseCode);
- }
- String output;
- Reader reader = null;
- try {
- reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(response, "UTF-8"));
- StringBuilder builder = new StringBuilder();
- char[] buffer = new char[8192];
- int read;
- while ((read = reader.read(buffer, 0, buffer.length)) > 0) {
- builder.append(buffer, 0, read);
- }
- output = builder.toString();
- }
- finally {
- if (reader != null) try {
- reader.close();
- } catch (IOException logOrIgnore) {
- logOrIgnore.printStackTrace();
- }
- }
- System.out.println(output);
- }
- }
- curl 'https://parasite.wormbase.org/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?' -H 'Content-type:text/x-fasta'
- wget -q --header='Content-type:text/x-fasta' 'https://parasite.wormbase.org/rest-19/sequence/region/brugia_malayi_prjna10729/Bm_v4_Chr2_contig_001:13847151-13862157:1?' -O -
Resource Information
| Methods | GET |
| Response formats | fasta json text yaml jsonp |
| Slice length | 1e7 |