Comparative Genomics

For full details of The protein tree pipeline and the subsequent prediction of homologues, see the Ensembl Compara documentation.

This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:

Overview
Gene tree coverage and Gene QC for each species
Size of gene trees (split by their root taxon)
Gene tree nodes, and the inference of speciation / duplication events

Statistics about the gene tree nodes

Species	# Nodes	# speciation nodes	# duplication nodes	# dubious nodes	Average duplication confidence score	Average duplication confidence score (non-dubious nodes)
Opisthokonta	4103	3345	562	196	20.1 %	27.1 %
Ascomycete fungi (Ascomycota)	2632	2490	142	0	70.4 %	70.4 %
Animals (Metazoa)	16151	8527	4619	3005	10.1 %	16.7 %
Eumetazoa	24553	14415	5727	4411	8.6 %	15.1 %
Bilateria	19461	13908	2763	2790	6.7 %	13.4 %
Protostomia	18063	12636	3336	2091	9.3 %	15.2 %
Protostomia	12547	8401	2143	2003	6.1 %	11.8 %
Protostomia	27931	15227	6421	6283	5.1 %	10.0 %
Flatworms (Platyhelminthes)	10556	7915	1209	1432	11.8 %	25.8 %
Flatworms (Platyhelminthes)	17236	13603	1686	1947	7.5 %	16.2 %
Flatworms (Platyhelminthes)	8438	7755	383	300	8.6 %	15.3 %
Monogenea	1703	1660	42	1	48.8 %	50.0 %
Gyrodactylus	6081	5730	351	0	68.9 %	68.9 %
Flukes (Digenea)	12785	11139	907	739	12.0 %	21.9 %
Blood flukes (Schistosomatidae)	11001	9890	870	241	24.1 %	30.8 %
Blood flukes (Schistosomatidae)	7860	7651	203	6	49.4 %	50.9 %
Trichobilharzia	9490	8818	672	0	77.5 %	77.5 %
Schistosoma	7928	7597	268	63	17.2 %	21.3 %
Schistosoma	8208	7962	196	50	26.9 %	33.8 %
Schistosoma	9546	9045	297	204	20.7 %	34.9 %
Schistosoma	8309	8078	231	0	75.3 %	75.3 %
Schistosoma	14835	9916	690	4229	4.2 %	29.7 %
Schistosoma	9940	8578	552	810	13.9 %	34.2 %
Schistosoma	9748	8532	257	959	9.0 %	42.3 %
Schistosoma	7952	7165	176	611	10.3 %	46.2 %
Schistosoma	7841	7517	97	227	17.3 %	57.7 %
Schistosoma	6635	6607	28	0	67.9 %	67.9 %
Schistosoma	3427	3422	5	0	50.0 %	50.0 %
Flukes (Digenea)	17808	13649	1080	3079	6.5 %	24.9 %
Flukes (Digenea)	5104	4923	67	114	13.6 %	36.8 %
Flukes (Digenea)	8473	8318	128	27	34.3 %	41.6 %
Paragonimus	10102	9053	908	141	41.2 %	47.6 %
Paragonimus	8499	7940	397	162	35.9 %	50.5 %
Paragonimus	8517	8242	275	0	67.5 %	67.5 %
Opisthorchiidae	11250	9835	1129	286	57.1 %	71.6 %
Opisthorchis	7421	7341	80	0	57.5 %	57.5 %
Plagiorchiida	3695	3620	68	7	45.0 %	49.6 %
Echinostomatoidea	18953	17828	1098	27	44.3 %	45.4 %
Fasciola	9926	9192	655	79	54.6 %	61.2 %
Liver fluke (Fasciola hepatica)	8727	8463	264	0	69.3 %	69.3 %
Eucestoda	10915	9888	800	227	20.9 %	26.9 %
Cyclophyllidea	8641	7839	432	370	14.8 %	27.5 %
Cyclophyllidea	9195	8818	311	66	23.0 %	27.8 %
Taeniidae	10763	9733	715	315	23.4 %	33.7 %
Taeniidae	7523	7253	239	31	37.2 %	42.0 %
Taenia	9371	8463	815	93	50.2 %	55.9 %
Taenia	7651	6735	870	46	60.8 %	64.1 %
Taenia	11396	10035	1361	0	77.1 %	77.1 %
Echinococcus	4054	3813	100	141	20.0 %	48.3 %
Echinococcus	8223	7800	254	169	30.9 %	51.4 %
Echinococcus	9089	8887	140	62	44.3 %	63.9 %
Echinococcus granulosus	8053	7969	84	0	73.8 %	73.8 %
Hymenolepididae	8383	7860	513	10	62.4 %	63.6 %
Hymenolepididae	7261	7029	232	0	59.9 %	59.9 %
Diphyllobothriidae	13288	11281	1812	195	53.6 %	59.4 %
Diphyllobothriidae	8059	7296	763	0	70.8 %	70.8 %
Rhabditophora	2722	2655	67	0	57.5 %	57.5 %
Nematodes (Nematoda)	33588	19084	6138	8366	4.5 %	10.5 %
Nematodes (Nematoda)	40016	24731	6106	9179	4.7 %	11.7 %
Chromadorea	14679	12047	796	1836	9.0 %	29.8 %
Chromadorea	9827	8916	429	482	18.8 %	39.8 %
Chromadorea	2852	2789	57	6	47.1 %	52.0 %
Linhomoeidae	7167	6400	767	0	73.4 %	73.4 %
Chromadorea	5559	5330	226	3	51.5 %	52.2 %
Xyalidae	9417	8437	980	0	77.4 %	77.4 %
Chromadorea	4564	4380	125	59	35.2 %	51.9 %
Chromadorea	3877	3730	147	0	61.9 %	61.9 %
Nematodes (Nematoda)	38893	26285	5272	7336	4.3 %	10.2 %
Spirurina	10691	9013	627	1051	7.3 %	19.6 %
Oxyuridae	7520	7241	279	0	68.6 %	68.6 %
Spirurina	16009	14281	754	974	8.0 %	18.4 %
Ascaridoidea	10761	9891	748	122	38.8 %	45.2 %
Ascaridoidea	12074	11456	589	29	46.6 %	48.9 %
Ascarididae	12749	12125	543	81	42.4 %	48.7 %
Parascaris	3505	3433	72	0	58.3 %	58.3 %
Ascaris	11206	10746	460	0	65.7 %	65.7 %
Spirurina	16797	8623	1174	7000	2.1 %	14.4 %
Spirurina	2637	2554	41	42	14.3 %	29.0 %
Spiruromorpha	8526	7723	481	322	14.4 %	24.0 %
Spiruromorpha	6006	5747	116	143	8.5 %	19.0 %
Onchocercidae	14589	12718	639	1232	6.9 %	20.2 %
Onchocercidae	7916	7843	70	3	42.6 %	44.4 %
Onchocerca	6184	6056	119	9	55.3 %	59.5 %
Onchocerca	8924	8692	232	0	68.3 %	68.3 %
Onchocercidae	12808	11848	282	678	6.4 %	21.9 %
Onchocercidae	7629	7543	76	10	40.6 %	45.9 %
Onchocercidae	9854	9571	232	51	40.9 %	49.9 %
Brugia	10466	9872	451	143	40.8 %	53.8 %
Brugia	6793	6682	111	0	51.4 %	51.4 %
Onchocercidae	8393	8040	119	234	11.8 %	34.9 %
Onchocercidae	7327	7155	75	97	16.7 %	38.2 %
Onchocercidae	6473	6453	20	0	52.5 %	52.5 %
Nematodes (Nematoda)	45461	33559	5370	6532	7.3 %	16.2 %
Enoplida	8563	7696	834	33	55.4 %	57.6 %
Trissonchulus	9517	8285	1232	0	73.8 %	73.8 %
Thoracostomopsidae	8999	7361	1638	0	71.4 %	71.4 %
Tylenchina	13552	12100	617	835	9.3 %	21.8 %
Tylenchina	8588	7309	309	970	4.2 %	17.2 %
Strongyloidoidea	7780	7316	456	8	61.5 %	62.6 %
Strongyloididae	11353	10187	1134	32	59.8 %	61.5 %
Strongyloides	11532	10939	562	31	60.2 %	63.6 %
Strongyloides	13573	12054	1519	0	80.6 %	80.6 %
Strongyloides	8488	8406	82	0	68.9 %	68.9 %
Tylenchina	18302	15391	999	1912	6.8 %	19.8 %
Tylenchomorpha	8612	8006	257	349	10.3 %	24.2 %
Aphelenchoididae	8637	8159	421	57	45.0 %	51.1 %
Aphelenchoides	7101	6713	366	22	58.1 %	61.6 %
Aphelenchoides	5895	5676	219	0	73.7 %	73.7 %
Pine wood nematodes (Bursaphelenchus)	11599	10619	980	0	79.3 %	79.3 %
Pine wood nematode (Bursaphelenchus xylophilus)	16587	14536	2051	0	90.7 %	90.7 %
Tylenchomorpha	6947	5960	321	666	8.0 %	24.6 %
Tylenchomorpha	6730	6440	229	61	20.5 %	25.9 %
Ditylenchus	6619	6248	371	0	68.9 %	68.9 %
Tylenchoidea	10220	9521	641	58	31.8 %	34.6 %
Heteroderinae	11574	10390	1159	25	56.1 %	57.3 %
Globodera	11319	9822	1432	65	61.9 %	64.7 %
Globodera pallida	10954	8727	2227	0	73.9 %	73.9 %
Heterodera	14646	11336	3310	0	77.2 %	77.2 %
Meloidogyne	11200	8143	1273	1784	17.0 %	40.9 %
Meloidogyne	7269	6728	484	57	34.6 %	38.7 %
Meloidogyne	12419	10565	1781	73	44.9 %	46.8 %
Meloidogyne	77262	40402	35048	1812	52.1 %	54.8 %
Meloidogyne	38263	29615	7847	801	47.4 %	52.2 %
Meloidogyne	5100	4914	186	0	55.1 %	55.1 %
Meloidogyne incognita group	17906	15012	2894	0	64.2 %	64.2 %
Tylenchina	6783	6402	309	72	27.2 %	33.6 %
Panagrolaimidae	20315	14169	1120	5026	6.3 %	34.4 %
Panagrolaimidae	11222	10761	461	0	71.0 %	71.0 %
Panagrolaimus	5731	5528	189	14	38.2 %	41.0 %
Panagrolaimus	20980	16655	4151	174	54.8 %	57.1 %
Panagrolaimus	10665	9973	692	0	66.5 %	66.5 %
Panagrolaimus	14114	11189	2925	0	72.6 %	72.6 %
Steinernema	22163	16816	3710	1637	32.8 %	47.2 %
Steinernema	13738	13096	536	106	38.7 %	46.4 %
Steinernema	15618	14111	1507	0	75.9 %	75.9 %
Steinernema	11533	11095	438	0	69.7 %	69.7 %
Steinernema	11423	10774	649	0	70.4 %	70.4 %
Chromadorea	32809	24301	3289	5219	6.0 %	15.5 %
Diplogasteroidea	26975	17357	2918	6700	7.9 %	26.1 %
Diplogasteroidea	10104	9632	362	110	28.3 %	37.0 %
Diplogasteroidea	12325	11370	835	120	36.4 %	41.6 %
Pristionchus	18564	15416	2738	410	39.0 %	44.9 %
Pristionchus	22690	18047	3615	1028	34.4 %	44.2 %
Pristionchus	17394	15791	1473	130	42.3 %	46.0 %
Pristionchus	21427	18033	2947	447	43.5 %	50.1 %
Pristionchus	21969	19737	2049	183	48.4 %	52.7 %
Pristionchus	26031	22524	3102	405	52.8 %	59.7 %
Pristionchus	15165	14710	455	0	64.5 %	64.5 %
Diplogasteroidea	9970	9286	443	241	36.8 %	56.8 %
Diplogasteroidea	3893	3656	146	91	34.0 %	55.3 %
Diplogasteroidea	2792	2734	58	0	56.0 %	56.0 %
Chromadorea	27855	20386	1848	5621	3.5 %	14.1 %
Rhabditidae	6160	5583	134	443	5.2 %	22.6 %
Rhabditidae	10290	9568	250	472	8.8 %	25.3 %
Rhabditidae	5750	5695	55	0	60.6 %	60.6 %
Oscheius tipulae	14561	12612	1949	0	87.8 %	87.8 %
Rhabditidae	8099	7744	196	159	15.5 %	28.1 %
Diploscapter	26438	17438	9000	0	89.2 %	89.2 %
Caenorhabditis	11246	9507	570	1169	8.3 %	25.5 %
Caenorhabditis	8688	8247	250	191	15.9 %	28.0 %
Caenorhabditis	11991	10255	724	1012	11.6 %	27.7 %
Caenorhabditis	15122	13355	1008	759	17.9 %	31.4 %
Caenorhabditis	9456	8829	627	0	71.2 %	71.2 %
Caenorhabditis	11580	10649	656	275	26.2 %	37.2 %
Caenorhabditis	26616	19482	3817	3317	16.4 %	30.7 %
Caenorhabditis	11743	10937	303	503	12.9 %	34.3 %
Caenorhabditis	12069	11708	273	88	39.6 %	52.4 %
Caenorhabditis	16903	15247	1287	369	49.3 %	63.4 %
Caenorhabditis	13282	13014	268	0	65.1 %	65.1 %
Caenorhabditis	21055	16695	1722	2638	15.4 %	38.9 %
Caenorhabditis	21839	18433	1838	1568	19.1 %	35.3 %
Caenorhabditis	10505	10263	242	0	65.7 %	65.7 %
Caenorhabditis	17732	16516	915	301	31.2 %	41.5 %
Caenorhabditis	21746	18409	3230	107	67.4 %	69.6 %
Caenorhabditis remanei	23556	20295	3261	0	74.3 %	74.3 %
Caenorhabditis	17686	16706	836	144	41.8 %	49.0 %
Caenorhabditis	19014	17252	1303	459	41.3 %	55.9 %
Caenorhabditis	14681	14580	101	0	61.9 %	61.9 %
Caenorhabditis	18683	16900	1783	0	74.1 %	74.1 %
Caenorhabditis	9748	9702	46	0	59.8 %	59.8 %
Mesorhabditis	9959	9117	842	0	77.7 %	77.7 %
Strongylida	8500	7563	533	404	10.0 %	17.5 %
Strongylida	32709	18290	3700	10719	5.3 %	20.6 %
Strongylida	27101	22279	2696	2126	15.7 %	28.1 %
Strongylida	28244	22894	2602	2748	16.2 %	33.2 %
Strongylida	8925	8757	103	65	25.3 %	41.3 %
Strongylida	2092	2009	60	23	30.4 %	42.1 %
Strongyloidea	10468	9867	520	81	40.7 %	47.0 %
Strongylidae	7754	7379	356	19	51.5 %	54.3 %
Cyathostominae	4820	4295	525	0	63.9 %	63.9 %
Ancylostoma	15106	13222	1842	42	63.3 %	64.8 %
Ancylostoma	12154	11021	1133	0	71.8 %	71.8 %
Trichostrongyloidea	12716	12132	341	243	23.8 %	40.8 %
Haemonchidae	8418	7930	481	7	57.5 %	58.3 %
Haemonchus	12373	10884	1489	0	76.3 %	76.3 %
Trichostrongyloidea	8705	8573	132	0	70.1 %	70.1 %
Strongylida	4977	4923	47	7	40.1 %	46.1 %
Angiostrongylus	6923	6517	336	70	49.2 %	59.5 %
Angiostrongylus	7575	7394	181	0	67.7 %	67.7 %
Dorylaimia	5873	5280	299	294	17.9 %	35.6 %
Dorylaimia	4083	3997	72	14	23.0 %	27.5 %
Dorylaimia	4130	3976	134	20	28.1 %	32.3 %
Trichinellida	6631	6178	421	32	35.4 %	38.1 %
Trichuris	8302	7495	796	11	69.0 %	70.0 %
Trichuris	6702	6373	329	0	67.9 %	67.9 %
Trichinella	11345	9783	1179	383	28.4 %	37.6 %
Trichinella	6991	6744	223	24	54.6 %	60.5 %
Trichinella	8226	7564	662	0	78.5 %	78.5 %
Trichinella	17185	13451	2092	1642	18.8 %	33.5 %
Trichinella	5632	5524	108	0	57.9 %	57.9 %
Trichinella	13429	11056	1486	887	24.0 %	38.3 %
Trichinella	17293	14086	1368	1839	16.5 %	38.6 %
Trichinella	14604	12726	761	1117	19.8 %	49.0 %
Trichinella	6967	6750	217	0	65.7 %	65.7 %
Trichinella	6258	6167	91	0	62.1 %	62.1 %
Trichinella	7483	7308	175	0	64.9 %	64.9 %
Arthropods (Arthropoda)	3305	3192	113	0	64.2 %	64.2 %
Lophotrochozoa	7245	6856	389	0	68.3 %	68.3 %
Chordates (Chordata)	3512	3408	104	0	55.2 %	55.2 %
Bony vertebrates (Euteleostomi)	15105	12910	2191	4	75.8 %	75.9 %
Euarchontoglires	18436	17314	1115	7	81.3 %	81.8 %
Murinae	20034	18471	1563	0	84.9 %	84.9 %
Eumetazoa	3866	3755	111	0	61.7 %	61.7 %

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Comparative Genomics

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